1946年2月，冀鲁豫边区政府卫生局委派吕瑞亭来阳谷，在阳谷县城南街小隅首路西租用民房，建立阳谷县卫生所。

1947年1月，迁至阳谷城东50里阿城镇。

1947年9月，县卫生所迁回阳谷县城南街原址。

1948年初，更名为阳谷县卫生院，下半年迁至东街西首路北。

1949年，迁至南街中段路东。

1956年，在阳谷东街东首路北东大寺小学旧址新建瓦房三幢，年底县卫生院迁入新址。

同年，阳谷县卫生院改称阳谷县人民医院。

1958年12月，阳谷县并入寿张县，阳谷县人民医院更名为寿张县第二人民医院，与寿张县人民医院并存。

1961年7月，恢复阳谷县建制，复称阳谷县人民医院。

1984年，阳谷县人民医院改称阳谷县第一人民医院。

1987年10月29日，阳谷县人民医院整体搬迁至东方红大街（现谷山路中段）32号。

1988年8月10日，阳谷县人民政府决定成立阳谷县医疗康复中心，为副局级事业单位，列卫生序列，隶属县委组织部老干局。

1994年4月6日，阳谷县医疗康复中心撤销，并入阳谷县人民医院，改为老干部病房。

1998年，医院名称恢复为阳谷县人民医院。

2008年10月26日，阳谷县人民医院搬迁至现址——阳谷县城黄山路与黄河路交叉路口。

2013年10月29日，阳谷县人民医院成功创建二级甲等综合医院。

2018年12月17日，阳谷县人民医院顺利通过二甲复审。

2021年10月1日，阳谷县人民医院成立健康管理中心，位于阳谷县谷山南路滨湖国际小区西门北邻，医院变更增加第二执业地址。

2021年12月2日，阳谷县人民医院正式纳入参照三级医院管理。